Sau khi lên ngôi Hoàng đế, chiến thắng quân Thanh, giao Bắc Hà lại cho các quan, vua Quang Trung về lại Phú Xuân lo sửa sang việc nước. Trong các vấn đề nội trị vua Quang Trung chú trọng đến tôn giáo. Nhà vua lấy đạo Nho làm Quốc giáo và ngưỡng mộ với các tôn giáo khác trong nước.

Tuy vậy, sau này cũng có một số nhà sư cho rằng: "Quang Trung chống lại Phật giáo" và họ gọi Tây Sơn là "Ngụy triều". Thực ra, theo các tài liệu còn lưu giữ, đối với đạo Phật nhà vua rất ngưỡng mộ, song lại rất ghét những người lợi dụng cửa chùa để "trốn xâu lậu thuế", "không làm mà có ăn". Khi nhận thấy làng nào cũng có chùa, mà phần nhiều các thầy chùa ít học, không mấy người thấu hiểu đạo lý cao sâu của Đức Thích Ca, họ chỉ mượn tiếng tu hành để ký sinh vào xã hội, nên nhà vua xuống chiếu hủy bỏ các ngôi chùa nhỏ ở các làng. Đồng thời nhà vua cho các huyện, phủ được cấp gỗ gạch để xây một ngôi chùa đồ sộ, khang trang, rồi chọn những tăng ni có học thức, đạo đức đến trụ trì, còn những nhà sư đội lốt tu hành, tục gọi là những "Huề mầm", đều bắt phải hoàn tục, lo bổn phận của người dân. Hẳn chúng ta còn nhớ chuyện tướng Võ Văn Dũng được Tây Sơn Vương sai đi giết một nhà sư võ nghệ cao cường ở chợ Gò Chàm lúc nhà Tây Sơn khởi nghĩa. Vì nhà sư này thường dùng một vài xảo thuật trong võ học, để dụ dỗ những người không biết, tôn sùng thán phục y, từ đó có thể gây biến. Khi gặp mặt, Dũng biết đây không phải là nhà sư chính thống, tâm ý còn động trước điều thế tục. Quả thật, trước các người đẹp khỏa thân, tâm nhà sư xao động và mất đi điều căn bản của võ học. Vì thế lưỡi gươm của Võ Văn Dũng đã khiến nhà sư rớt đầu.

Nhìn chung, dưới triều Tây Sơn nhân dân được tự do tín ngưỡng. Các đạo khác như Lão giáo, Ma Ní giáo... được tự do truyền bá, Thiên Chúa giáo cũng không bị ngăn cấm. Theo một chú giải trong quyển Nhà Tây Sơn của Quách Tấn-Quách Giao, thì trong lá thư đề ngày 18-7-1793 của Linh Mục Le Roy gửi cho Piandin có câu: "Từ khi nhà Tây Sơn lên làm chủ, Tôn giáo được tiến bộ".

. Hữu Vinh