Quân đội Tây Sơn bắt đầu hình thành từ tổ chức 5 Đồn: Trung, Tiền, Tả, Hữu, Hậu từ năm 1773, đã ngày một lớn mạnh từ một đội quân để trở thành một lực lượng quân đội có quy mô và tổ chức cao. Biên chế quân đội theo nguyên tắc ngũ chế (năm quân), gồm có trung quân, tiền quân, tả quân, hữu quân và hậu quân. Các quân này đều do tướng tài đảm nhiệm, như năm 1786, Nguyễn Nhạc đánh Phú Xuân, phong Nguyễn Hữu Chỉnh làm Hữu quân Đô đốc, Võ Văn Nhậm là Tả quân Đô đốc…

Quân đội Tây Sơn còn chia các Đạo với tên riêng là Càn Thanh, Thiên Cang, Thiên Trường, Thiên sách, Thiên Hùng, Hổ Bí, Hổ Hầu, Thị Thân, Thị Loan … Người chỉ huy các đạo quân này là những viên Đô đốc, như năm Thái Đức 10 (1787), Nguyễn Nhạc phong Đặng Tiến Đông chức Đô đốc Đồng tri, tước Đông Lĩnh Hầu, sau đó ông thống lĩnh đạo quân Vũ Thắng, Thiên Hùng ở chi Giáp nhất. Theo đó thì biên chế quân đôi Tây Sơn còn có cấp Chi đặt theo số thứ tự đi liền với hệ thống Thập Can là Giáp, Ất, Bính, Đinh.…

Dưới các Đạo là đơn vị cấp Cơ, mỗi Cơ lại có nhiều Đội. Điều khác biệt với biên chế quân đội trước đó và nhà Nguyễn sau này là quân Tây Sơn còn đặt cấp Suất với chức Phân Suất. Sách Lê quý dật sử ghi lại vào tháng 12 năm Kỉ Dậu niên hiệu Quang Trung 2 (1789) là: “Tây Sơn định lại việc đặt quan chức, hàng quan văn có Phân Tri, hàng quan võ có Phân Suất… Quân sự thì Đạo thống lĩnh Cơ, Cơ thống lĩnh Đội, đều có viên Phân Suất cai quản huấn luyện”. Như vậy, cấp Suất đã được đưa vào biên chế quân dội Tây Sơn một cách rộng rãi và có tên gọi kèm theo như Suất Trung Lương, Suất Hùng Cơ… Suất có khi đứng độc lập, có khi do chức khác kiêm quản. Ví dụ như quả ấn “Suất Trung Lương nhị vệ tam hiệu Trung Lang tướng” có nghĩa là Viên Trung Lang tướng ở hiêu thứ ba, Vệ thứ hai suất Trung Lương; hay ở một quả ấn khác ghi là “Suất Hùng Cự khai vệ ngũ hiệu đô ty” có nghĩa là Viên tướng đô ty ở Hiệu quân thứ năm, Vệ tiên phong Suất Hùng Cự. Ở đây ta thấy rõ dưới cấp Suất còn có cấp Vệ. Cấp Vệ được đặt theo số thứ tự Nhị vệ, Khai vệ…

Đơn vị quân đội nhỏ nhất thời Tây Sơn là cấp Đội đối với lực lượng bộ binh và tương đương cấp Đội là cấp Thuyền nằm trong lực lượng Hải quân. Đây là những đơn vị cơ sở của quân chính quy.

Một chức vụ cực lớn mà Nguyễn Huệ đã phong cho con trai mình Khai công Nguyễn Quang Thùy là “Tiết chế Thuỷ bộ chư doanh kiêm Tổng binh dân thứ vụ” cho quản lĩnh quân đội Bắc Hà. Chức Đại Tư mã được nhà Tây Sơn giao cho các tướng tài như Ngô Văn Sở thời Quang Trung, hay Nguyễn Văn Tứ thời Cảnh Thịnh. Chức Đại đô đốc và Đô đốc gần như là chức quan võ điển hình thời Tây Sơn mà ít thấy ở triều đại khác. Riêng chức Đô đốc được phong cho rất nhiều tướng lĩnh như Đô đốc Bùi Thị Xuân, Đô đốc Bảo, Đô đốc Long, … Chữ Đô đốc còn đi liền với tên chức khác như Đô đốc Đồng tri mà Đặng Tiến Đông được Nguyễn Nhạc phong năm Thái đức 10 (1787) như đã nói ở trên.

Theo tác giả Trầm Hương trong bài viết” Am vang Rạch Gầm- Xoài Mút trong tâm thức người dân bên bờ sông Tiền” đăng trên Tạp chí Văn Hiến Việt Nam số 2-2004 thì tổ chức quân đội Tây Sơn cụ thể trong trận Rạch Gầm- Xoài Mút như sau:

“Đầu tháng 1-1785, quân Tây Sơn với lối hành quân thần tốc đã đến đóng ở Mỹ Tho sẵn sàng giao chiến với quân Nguyễn Ánh đang đóng ở Sa Đéc. Tình thế đó dẫn đến trận đánh lịch sử vào sáng ngày 19-1-1785 trên khúc sông Mỹ Tho, từ Rạch Gầm đến Xoài Mút. Quân Xiêm ỷ vào thế mạnh của thuỷ binh nhưng không ngờ thuỷ binh của Tây Sơn dưới quyền chỉ huy của Nguyễn Huệ còn mạnh hơn rất nhiều. Ngoài lực lượng bộ binh, Tây Sơn có nhiều chuyến thuyền và voi chiến, được tổ chức chặt chẽ, có thể tác chiến được cả thuỷ lẫn bộ.

Thuỷ binh của Tây Sơn thuộc vào loại lớn lúc bấy giờ so với các nước trong khu vực Đông Nam Á, với hàng trăm chiến thuyền các loại, trong đó có nhiều chiến thuyền đại hiệu được trang bị tới 66 khẩu đại bác bắn đạn 12 kg và biên chế 700 quân. Mỗi thuyền đại hiệu được coi là một đơn vị chiến thuật cơ bản (tương đương một cơ của bộ binh), vừa như một pháo thuyền. Ngoài thuỷ binh, quân bộ của Tây Sơn cũng rất mạnh gồm bộ binh, tượng binh, kị binh được biên chế theo nguyên tắc “ngũ ngũ chế” thành đội (60-100 người), 5 đội thành một cơ (300-500 người), 5 cơ (và một số đội) thành một đạo (gồm 1500-2500 người), 5 đạo (và một số cơ) thành một doanh (gồm khoảng 15.000 người ). Doanh và đạo là những đơn vị hỗn hợp có cả các thành phần của bộ binh, pháo binh, kị binh và tượng binh (như đơn vị hợp thành của quân đội hiện đại). Những đơn vị này được trang bị hoả lực mạnh, có khả năng cơ động cao và sức chiến đấu lớn, rất có khả năng chiến đấu hợp đồng giữa các bộ phận và lực lượng. Đặc biệt, đội quân tinh nhuệ thuỷ binh của Tây Sơn dưới tài chỉ huy của Nguyễn Huệ, có thế mạnh vũ bão khi lấy hình thức tác chiến tấn công là chủ yếu”

• Khả Xuân