U21 SQC.BĐ nằm ở bảng B cùng các đội chủ nhà SHB Đà Nẵng, Hà Nội, Quảng Ngãi, Hoàng Anh Gia Lai, Đắk Lắk, Bình Thuận tại vòng loại Giải U21 Báo Thanh Niên 2012. 28 đội ở 4 bảng thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm, chọn 4 đội nhất 4 bảng và 2 đội nhì cao điểm nhất trong 4 bảng vào vòng chung kết cùng với 2 đội được miễn vòng loại là đương kim vô địch Nam Định và chủ nhà Ninh Thuận.
Vòng loại thi đấu từ ngày 1 đến 15.9, vòng chung kết từ 25.9 đến 5.10.2012.
| 
